螺旋藻是人们较熟知的一种藻类，它也常被用作健康食品的原料，许多人常常将两者混淆。然而，小球藻中独有C.G.F.(ChlorellaGrowthFactor)使其与螺旋藻存在本质上的不同。并且，从植物分类上来看，小球藻属于绿藻类，而螺旋藻属于蓝藻类；通过显微镜来看，小球藻为单细胞球状，螺旋藻为多细胞螺旋状。

二者主要区别有：科目分类不同、生境分布不同、主要价值不同，具体如下：

一、科目分类不同

1、小球藻

小球藻为绿藻门、绿藻纲、小球藻科、小球藻属。普生性单细胞绿藻，常单生，也有多细胞聚集。细胞球形、椭圆形，内有一个周生、杯状或片状的色素体。无性繁殖，每个细胞可以产生2、4、8或16个似亲孢子，成熟时母细胞破裂，孢子逸出，长大后即为新个体。

2、螺旋藻

螺旋藻属于蓝藻门、蓝藻纲、颤藻科、螺旋藻属。是一种古老的低等原核单细胞或多细胞水生植物，形如钟表发条，呈螺旋状蓝绿色，所以又称为蓝绿藻。

二、生境分布不同

1、小球藻

生淡水里和水底的物体上，有时生于纤毛虫和水螅体上。分布于辽宁、河北、山西、江苏、山东、福建、安徽、广东等地。

2、螺旋藻

螺旋藻适于高温碱性环境，在淡、咸水均有生，长于碱水湖、一些海洋环境和盐碱湖（主要的生长地）。螺旋藻主要分布于热带、亚热带地区淡水及盐碱性湖泊中，自然环境中螺旋藻主要分布于中非乍得湖、墨西哥特西科科湖和我国云南永胜程海湖。

三、主要价值不同

1、小球藻

小球藻是一种优质的绿色营养源食品，其主要营养成分甚至优于某些主要食品，具有高蛋白、低脂肪、低糖、低热量以及维生素、矿物质元素含量丰富的优点，并且具有某些特殊医疗保健功能。因此，小球藻是食品添加剂以及保健食品等的优质健康食品源。

2、螺旋藻

螺旋藻是自然界营养成分最丰富、最全面的生物，螺旋藻富含高质量的蛋白质、γ-亚麻酸的脂肪酸、类胡萝卜素、维生素，以及多种微量元素如铁、碘、硒、锌等。螺旋藻在全世界范围内已被广泛用作保健品，并同时被美国和欧洲航天局推荐为长期执行太空任务人员的主要食品之一。