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一、华南海鲜市场：备受争议的“疫源地”
二、病毒学证据：武汉新冠病毒-nCoV的基因异样之处三、石正丽：疑云笼罩的冠状病毒跨物种感染研究四、穿山甲之谜：突如其来的“中间宿主”
武汉新冠肺炎两个月了，但科学界对新冠病毒的认识依然有限。源头是华南海鲜市场吗？来自蝙蝠？穿山甲？病毒基因序列和科学文献的比对，均显示这个病毒的来源并非如此简单。
一、华南海鲜市场：备受争议的“疫源地”华南海鲜市场销售猪肉、海鲜、冰鲜、干货的大型综合市场，有商家偷偷贩卖些野味。
十七年前的“萨斯”瘟疫大爆发，就是广东人吃野味“果子狸”而惹出的大祸。
武汉方面多次强调，多数武汉肺炎病例有华南海鲜市场暴露史或接触史。中国疾控所也在该市场取样份检测。
1月22日，国家疾控中心主任高福表示，武汉新型冠状病毒的来源是野生动物。
1月26日，份环境样本中，检测到33份样品含有新型冠状病毒核酸。
至此，华南海鲜市场是疫源地的说法成为官方定论。
然而，仅仅一天之后，《科学》杂志就对这一结论提出重大挑战。
“新型冠状病毒感染患者的临床特点”医院副院长黄朝林。
#第一例病人发病时间是12月1日，与海鲜市场无关联；#第一例病人与后续病人未发现流行病关联；#12月10日，又有3例病例与海鲜市场无关；#12月15日开始，有海鲜市场暴露史的病例集中出现；#论文统计总共41例病人，有14例证实与海鲜市场无关联，比例超过1/3。#海鲜市场没有人卖蝙蝠，也未发现蝙蝠的踪迹。
1月29日《柳叶刀》医院99例病例，50例无海鲜市场接触史；22日前确诊的全部个病例中45%无海鲜市场接触史。
当局通报的相应信息如下：
#第一例病人发病时间是12月8日，与海鲜市场有关联；#官方认定华南海鲜市场就是疫源地。#武汉病毒所石正丽指从云南马蹄蝠身上发现新冠状病毒，与武汉新冠病毒同源性达96.2%，病毒源自蝙蝠就此成为大众共识。
美国乔治敦大学丹尼尔?鲁西表示，如果第一个病例在年11月就已被病毒感染，因为在感染之后和与出现症状之前有一个潜伏期。潜伏期在10～14天左右。
很明显，在集中出现病例之前，病毒就已经在悄无声息地传播。鲁西坦率地指出：“当局肯定已经意识到这种流行病并非源自武汉华南海鲜市场。”
首都医科大学教授曹彬也表示：“目前比较明确的是，（华南）海鲜市场应该不是新型冠状病毒-nCoV的唯一发源地。”；“但老实说，我们现在仍然不知道病毒究竟从哪里来。”
专家组似乎有意无意在忽视这一重要信息。
国家卫健委专家组早在年12月31日就已到达武汉。制定了诊断标准：
1.要有华南海鲜市场接触史；
2.要有发烧症状；
3.全基因组测序。
三条标准都达到才能确诊，缺一不可。
这个标准直到钟南山18日到达武汉后才修改。
难以解释的是：第一批专家组对《柳叶刀》41例病例应该是了解的。因为武汉卫健委官方通报中，从1月10日到17日，确诊41例这个数字一直没变。
为什么专家组明知1/3的病例与海鲜市场无关，要硬性规定确诊标准中必须有“海鲜市场接触史”这一条？
稍有传染病常识的人都知道，查清真正的传染病源，是防控传染病的关键之一。既然有明确的证据和专家的判断海鲜市场并非病毒疫源地，为何专家组要强行“规定”要有海鲜市场接触史？
二、病毒学证据：武汉新冠病毒基因异样之处1月10日中国正式向全世界公开了武汉新冠病毒-nCoV的全基因序列。
对武汉新冠病毒基因分析后，希腊专家发现“新型冠状病毒的基因，大约五成与sarbecvirus亚属中的病毒没有遗传关系”，并且该病毒具有任何冠状病毒都不具有的特殊中间区段，恰好帮助病毒入侵宿主细胞。
武汉病毒是一种新型的冠状病毒，且推翻了随机自然突变。
中国疾控中心张永振院士论文明确提出，武汉病毒与两种舟山蝙蝠病毒样本CoVZC45和CoVZXC21存在最为密切的亲缘关系。其中，武汉病毒与CoVZC45病毒的核苷酸序列同一性为89.1%，甚至在nsp7和包膜蛋白（E蛋白）%相似性。
张永振《自然》论文，武汉新冠病毒和舟山蝙蝠CoVZC45病毒E蛋白相似度高达%。
很快，美国国立卫生研究院（NIH）的比对工具BLAST，对基因组序列比对，证实了张永振的发现。
粉红高亮区的信息显示，武汉海鲜市场病毒样本与编号为“AVP.1”的病毒样本比对，其E蛋白相似度高达%。(G-NEWS)
中国疾病中心专家陆柔剑也指出，武汉新冠病毒和浙江舟山蝙蝠的一种冠状病毒相似度达88%。
舟山蝙蝠冠状病毒，是一种新型冠状病毒——舟山蝙蝠类SARS冠状病毒。
美国前陆军研究所病毒系实验室主任肖恩?林认为，武汉病毒和舟山病毒的E蛋白氨基酸序列达到%一致，是一件极其不寻常的事情。
没有理由在自然的病毒复制过程中，S蛋白突变，而E蛋白在整个宿主都变换掉的情况下保持完全相似。这基本上是不可能自然发生的。
北京大学传染病学博士、瑞士生物技术公司SunRegenHealthcareAG首席科学官董宇红指出，冠状病毒科内与武汉病毒最近的几种冠状病毒，在其它蛋白（S、M、N等）的氨基酸序列上都不可能达到像E蛋白这样的%完全一致，一致度为73.2%～98.6%。那么，这个E蛋白为什么在武汉病毒中与所谓“祖先”的蝙蝠病毒保持如此大的一致性？
她表示，武汉病毒和舟山病毒表现出来有关E蛋白的这种完美一致性，用“自然变异”难以解释。
更蹊跷的是，武汉病毒身上的费解之谜，还不止这一个。
中科院上海实验室：武汉病毒的S蛋白和萨斯病毒具有高度同源性。
S蛋白就是病毒表面的“小蘑菇”。是冠状病毒入侵人体细胞的最重要工具。
SARS病毒结构图
武汉病毒轻松入侵人体。
这是可以用精准来描述的基因变异，就像一把钥匙上有5个卡齿，其中4个齿的材质发生了改变，但钥匙的整体形状却完美保持，钥匙依然可以打开通往人体的阀门。
新冠病毒S蛋白4个位点残基的异常现象示意图
美国哈佛大学费格丁博士也注意到这个异常现象：该病毒不是由冠状病毒经过近期随机结合而产生的，有些部分与所有冠状病毒都“不协调”。其基因组的序列中段是以往冠状病毒中从未见过的，可“编码”侵入宿主细胞的刺突蛋白（S蛋白）。
分子进化钟是一种通过基因突变速率来估算物种进化速率的技术，远的可以追溯长达千百万年的进化，短的可以追寻当前传染病病原体的来源。
中国病毒所陆柔剑发现这次新冠肺炎来自不同患者的-nCoV序列几乎相同。这一发现表明，-nCoV是在很短时间内自一个起源地产生。
世界著名的斯克里普斯研究所克里斯蒂安?安德森也分析了中国公开发表的27个武汉病毒完整基因，发现来自武汉、深圳等地的24个样本的基因组非常一致，“显示出非常有限的遗传变异”，“表明所有这些病毒株都具有相对较新的共同祖先。”
安德森认为，病毒是单一来源进入人类，然后是持续地人传人。所有分析的案例都是人传人，没有动物传人的。
他根据分子进化钟算出来最先从人开始广传的时间，最早是10月1日，这与后来中共官方公布时间相当吻合。
三、石正丽：疑云笼罩的冠状病毒跨物种感染研究一个显着的事实是，蝙蝠携带的冠状病毒无法直接感染人体，更不是人传人的病毒。舆论对武汉病毒“被人工干预”的质疑声越来越大。
年萨斯爆发后，石正丽团队在全国采集蝙蝠病毒，确定SARS病毒是经过几个冠状病毒重组而来。
耐人寻味的是，石正丽对冠状病毒S蛋白——这个跨物种感染人体的“通行证”——的研究，早在年就已经开始。石正丽团队对寻找冠状病毒如何跨越物种障碍发生传播，进行了长期、系统且深入的研究。
年，石正丽团队发表论文，用活SARS病毒和HIV（艾滋）伪病毒检查不同种类蝙蝠ACE2对人类SARS-CoV刺突蛋白（S蛋白）的敏感性。实验中他们还改变蝙蝠ACE2的几个关键氨基酸，来测试其对S蛋白的结合性，并构建带有SARS病毒BJ01-S蛋白的HIV伪病毒HIV/BJ01-S。这显示石正丽团队已经意识到S蛋白与ACE2受体之间的特殊关系。
冠状病毒通过S蛋白感染人体细胞示意图
年10月30日，石正丽团队发布了冠状病毒研究的“新突破”。《自然》杂志刊发其题为“使用ACE2受体的蝙蝠SARS样冠状病毒的分离和鉴定”论文，包括葛行义、石正丽、达萨克等专家在内的研究团队，发布了从云南菊头蝠（马蹄蝠）身上分离出的新型冠状病毒RsSHC和Rs的全基因组序列。石正丽负责提供了SHC冠状病毒S蛋白序列以及质粒，这是她一直以来最擅长的领域。
在这次的研究成果中，石正丽团队还从蝙蝠粪便样本中分离出了第三种新型蝙蝠冠状病毒的活体——SARS样冠状病毒WIV1，其与Rs病毒的序列同源性为99.9%。该病毒的S蛋白可以通过受体结合点（RBD）结合人类受体ACE2，并有效地将SARS病毒直接传染给人，不需要果子狸等中间宿主。
这毫无疑问是一个重要的突破，这个突破显示石正丽等人已经初步掌握了冠状病毒突破物种障碍直接感染人体的“钥匙”。
年11月9日，武汉病毒所石正丽团队在英国《自然医学》发表论文：他们成功制造出一种能自我复制的嵌合病毒，使具有前述RsSHC冠状病毒“S蛋白”的野生小鼠SARS冠状病毒能结合人类ACE2，从而具有了跨物种的强大传染力。在实验结果中，感染了这种“合成”病毒的小白鼠两肺严重病变，无药可医。
令人惊心的是，在小白鼠成功实验仅仅只是石正丽的“牛刀小试”，他们接下来还准备在灵长类动物身上进行进一步的实验。这个举动无疑是危险的，因为这非常容易让人联想到，石正丽团队是否在模拟如何使用这类嵌合病毒来感染人体。
石正丽这篇论文迅速引发了学术界的巨大争议。法国巴斯德研究所的病毒学家西蒙?韦恩?霍布森深切表达了这种担忧：“如果（新）病毒逃逸了，谁也无法预测其途径。”
罗格斯大学生物防御专家理乍得?埃布赖特：“该研究的唯一影响是在实验室中创造了一种新的非自然风险。”
但石正丽的步伐显然并未停止。年11月14日，石正丽应上海交通大学邀请，做了题为“蝙蝠冠状病毒及其跨种感染研究”演讲。
石正丽介绍了她带领下的团队如何使用“重组分析”发现人SARS病毒的最近祖先，可能是由云南一个蝙蝠山洞中的三个病毒株（WIV1、Rs和Rs）重组而来的经过。
值得注意的是，出于不明原因，上海交大官方网站已经删除了这篇报导。
（网页截图）
年1月23日，新冠肺炎急速爆发、武汉宣布封城之际，石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表《一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源》，提出此次武汉新型冠状病毒或来源于蝙蝠。
该文章提到，武汉新冠病毒使用和SARS相同的“钥匙”来打开通向人体的大门。
文章还称，新型冠状病毒与源自云南马蹄蝠、编号为RaTG13的冠状病毒的序列的一致性高达96.2%。
众所周知，中国国家疾控中心上传武汉病毒的全部基因组序列是在1月11日。武汉病毒所在短短12天时间内就从病毒库诸多的冠状病毒中，比对、锁定与之相似度最高的病毒，并且还做出分离、上传基因库，甚至写出了论文。
相比上次找到SARS病毒天然来源花费了足足十年时间，这次石正丽团队的效率高得惊人。
一个不易为人注意的细节是，石正丽1月27日提交RaTG13蝙蝠病毒的登记信息显示，该病毒早在年7月24日，就已从云南马蹄蝠（菊头蝠）的粪便中被分离出来，其采集时间比石正丽年10月发表论文的时间还要早三个月，但石正丽的论文中并没有提到这个特殊的病毒。
换言之，这个被视为很可能是引发这次瘟疫的元凶、极其重要的“新马蹄蝠病毒RaTG13”在武汉P4实验室被雪藏了七年时间。
病毒提交记录显示，“新马蹄蝠病毒RaTG13”采集时间是年7月24日。(G-NEWS)
“新马蹄蝠病毒”为何被雪藏七年？个中原因谁也不知道，但石正丽现在报告说自己“发现”了该病毒和武汉病毒的联系，无疑是想证明，这个病毒是天然来源。
但一个难以解释的现象是，病毒基因序列比对结果显示，新马蹄蝠病毒（RaTG13）与武汉病毒的包膜蛋白（E蛋白）和膜蛋白（M蛋白）基因片段ORF6，其氨基酸序列都达到%相同，S蛋白则与武汉病毒达到97.7%相似。
黄色高亮区显示，新马蹄蝠病毒和武汉病毒整体同源性达到96.2%，E蛋白达到%一致。(G-NEWS)
病毒学专家、前WalterReed陆军研究所主任肖恩?林指出，这是继舟山病毒之后，又一种冠状病毒和武汉病毒出现E蛋白%相似，这是极其不寻常的现象。
他认为，这个E蛋白的很多位点可以有基因变化，但是却不会影响它协助病毒完成组装过程。
四、穿山甲之谜：突如其来的“中间宿主”与上次SARS疫情不同，这次武汉肺炎疫情从爆发至今，当局一直声称蝙蝠很可能是自然宿主，但即便国家级专家组对华南海鲜市场进行了全面调查后，当局仍然未能宣布是哪只野生动物引发了这场“国难”。中间宿主的缺失，也因此成为外界质疑病毒来源的一大疑点。
2月7日，华南农业大学称穿山甲或为新型冠状病毒的潜在中间宿主。
华南农业大学与广东省实验室教授在穿山甲身上发现一种β冠状病毒与武汉新冠病毒或有密切联系。
分离的病毒株与武汉新冠病毒毒株序列的相似度高达99%。表明，穿山甲为潜在中间宿主。
2月8日，《南方日报》独家报道穿山甲冠状病毒一些不寻常的实情。
华农研究院的沈永义在采访中表示，发现携带病毒的穿山甲样本并非来自广东，也不是来自某个特定种群。这批穿山甲是他们“从某些特定机构获取的”。
《南方日报》报导截图
华农兽医学院教授冯耀宇直言不讳地表示，这批穿山甲实际是“应某些单位之邀”，为“判断病因”而获得的某些样品。
显然，这批穿山甲是一批具有特殊性的样本，因为沈永义坦承，他们自己收集的国内常见的中华穿山甲样本中，并未发现这样的病毒。至于“某特定机构”为何主动找上门提供给他们这些特殊的样本，报导中没有提及。
华农团队从穿山甲身上分离到的病毒基因序列中，还有大约个没有测序、尚不明确的核苷酸（新冠病毒约有个核苷酸），仍需进一步分析。报导并说，要确定穿山甲为新冠潜在的中间宿主，专家认为“需要更多证据”。
既然证据不足，穿山甲冠状病毒能否感染人的关键问题也不确定，甚至在蝙蝠如何感染了穿山甲的过程也不清楚的情况下，华农团队为何要贸然宣布穿山甲就是中间宿主、就是无数专家正千方百计寻找的从蝙蝠到人之间的那座“桥梁”呢？
一般科学家会先发表学术论文，然后才宣布成果，这次论文还没写就先开新闻发布会宣布结果，是“为了响应号召”，并且“对我们而言压力非常大”。
病毒专家董宇红女士对此质疑：如果这几只被认为是“中间宿主”的穿山甲并非来自广东，它们是如何进入云南蝙蝠山洞中，感染了三个病毒株，然后又如何历尽跋涉将病毒带回广东，最后又穿越千山万水回到湖北武汉引发疫情的呢？
迄今为止，真相依然迷雾重重！！
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